食品细菌快速测定仪的操作原理和方法因仪器类型而异，以下是几种常见类型的操作原理及方法：
一、操作原理
ATP生物发光法：
原理：ATP（三磷酸腺苷）是所有生物细胞中均有的能量分子，测定出样品中细菌细胞的ATP含量，即可得知细菌数。该仪器利用生化作用使细菌细胞的ATP发光，以其光亮度测定细菌量，同时用生物方法分离非细菌细胞的ATP以避免假阳性，并用化学手段除去干扰物质（如盐、商业消毒剂等）的萃灭作用以避免假阴性。
过氧化物酶检测法：
原理：细菌、真菌等好氧微生物在新陈代谢时产生一种过氧化物酶，仪器检测的就是过氧化物酶。过氧化物酶的产生与生物活性的高低成一定比例，因此样品中现存的酶的数量可以反映当前总的生物活性。
二、操作方法
ATP生物发光法测定仪：
准备阶段：打开机器，点击检测，仪器提示“放入拭子”进入检测界面。从冰箱中取出拭子，放置10-15分钟，待恢复至室温后使用。
采样阶段：从套管里取出拭子，一手捏住连接头，擦拭物体表面（如45°倾斜，10×10cm表面）。将采集器插回套管。
处理阶段：一手捏住连接头，一手捏住囊体上部，来回弯折，直至折断阀门。挤压拭子头3次（或轻甩5下拭子），使拭子头中的液体全部被挤出。
检测阶段：立即将拭子插入仪器中检测，点击检测按钮，15秒后出检测结果。
基于过氧化物酶检测的仪器（如HMBX仪器）：
液体样品：取1支空的测试管，移去皮塞，向内面加10滴50C试剂，然后用注射器取10ml的样品加入试管中。加10滴50R试剂于试管中，用皮塞盖好反应管，用排风装置刺破皮塞排2-3次后移去，摇摆试管混合试剂，等15分钟左右，再摇摆试管。打开仪器开关“ON”，3-4秒后显示“00.00”，轻弹反应管使管壁上的液体流下，插入反应管，用探针开始测量，读数BRM，使用“mode”读出CFU。
固体样品：取1g样品加入到预先装入试剂的试管中，后续步骤与液体样品相同。
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